Em janeiro de 1990, é entregue à UFSC o mainframe IBM 3090, adquirido através da licitação de 1989, para substituir os equipamentos IBM 4341 e IBM 4381, os quais proviam todos os serviços de TI disponibilizados pelo NPD. Com a aquisição e operacionalização do IBM 3090 a UFSC experimentou um salto significativo na de capacidade de processamento, de e recursos de TI disponibilizados à comunidade universitária. O novo mainframe utilizava o sistema operacional VM/CMS (Virtual Machine/Conversational Monitor System) da IBM. Este sistema operacional permitia definir e usar máquinas virtuais para que os usuários compartilhassem o equipamento enquanto mantinham seus arquivos e dados separados. Já o sistema MVS (Multiple Virtual Storage) desenvolvido pela IBM e também instalado e disponibilizado no IBM 3090, era o sistema operacional mais utilizado nos mainframes IBM System/370 e System/390, para processamento de serviços (jobs) simultâneos em partições distintas da memória, o que possibilitou aos pesquisadores submeterem trabalhos que requeriam significativo recurso computacional por longos períodos de processamento.
IBM 3090 que substituiu os IBM 4341 e 4381
O IBM-3090 permaneceu funcionando até 1997 ou 1998 quando foi desligado.