No ano de 2000, o PoP-SC recebe os enlaces da RNP utilizando a tecnologia ATM (Asynchronous Transfer Mode), substituindo a tecnologia de transmissão LPCD (Linha Privativa de Comunicação de Dados) implementada anteriormente. Em cima destes enlaces foi utilizado a tecnologia de Circuitos Virtuais sobre a tecnologia ATM. Esta tecnologia permitiu alocar circuitos dinâmicos conforme a demanda. Todos os circuitos ATM foram providos pela operadora Embratel. A tecnologia ATM foi utilizada até 2003, mantendo a mesma topologia com banda agregada alocada sob demanda.
Inicialmente, a capacidade agregada foi de 16 Mbps, ou seja, 2 enlaces de 8 Mbps cada, sendo um para São Paulo e outro para Rio de Janeiro. Estes enlaces substituíram o enlace do Rio Grande do Sul, trazendo melhorias como dupla abordagem e aumento da capacidade em 8 vezes em relação a fase anterior. Este modelo chegou a atingir uma banda agregada de 54 Mbps (36 Mbps para Rio de Janeiro e 18 Mbps para São Paulo), tendo um aumento superior à 3 vezes a capacidade alocada no início da fase ATM. As larguras de bandas intermediárias eram alocadas conforme a demanda, que podiam mudar de mês a mês. O equipamento instalado no PoP-SC para receber os enlaces da RNP foi um Cisco 7500, com uma interface ATM e duas interfaces Fast Ethernet.
A partir de 2002, os enlaces começaram a ser entregues utilizando rádio enlace de 155 Mbps. Neste enlace, os circuitos dinâmicos eram alocados conforme demanda construídos através de PVC ATM (Permanent Virtual Circuit ATM). Internamente, o PoP-SC predominantemente adotou a tecnologia ATM. A conexão com a RMAV-FLN tinha capacidade de 622 Mbps. As redes locais eram emuladas através do protocolo LANE (Lan Emulation), onde o switch possuía uma interface ATM para conexão ao backbone e interfaces Ethernet/FastEthernet para conexão de hosts. A emulação da rede era realizada através do roteador IBM-MSS, que além de realizar o roteamento era um servidor de configuração de redes virtuais emuladas LECS (LAN emulation configuration server).
A mudança de tecnologia do backbone da RNP demarca o fim do primeiro backbone implantado e o início do novo backbone acadêmico, que ficou conhecido com RNP2. A implantação do novo backbone acadêmico seguiu as tendências das redes acadêmicas no resto do mundo, nas quais se buscava expandir a rede acadêmica brasileira e interconectar esta rede as iniciativas acadêmicas internacionais como RedClara (América Latina), Internet2 (Estados Unidos) e Géant (Europa).