No dia 29 de dezembo de 2006 foi assinado o Segundo Protocolo de Intenções em relação ao projeto REDECOMEP, entre o Ministério da Ciência e Tecnologia – MCT e a Prefeitura Municipal de Florianópolis com o intuito de promover a mútua cooperação e congregação de esforços para a implementação da iniciativa em Florianópolis. O acordo possuía inicialmente vigência de 5 anos, podendo ser prorrogado indefinidamente por meio de termo aditivo.